【案情简介】
A公司（建设单位）与B公司（施工单位）于2011年签订了《建设工程施工合同》一份，约定由B公司承建吴江恒森国际广场的土建工程。2013年7月20日涉案工程全部竣工验收合格，并同时由A公司接收使用。至2017年3月15日，A公司仅支付了26815307元，余款计16207442元拒不支付，B公司无奈诉至法院，要求A公司支付剩余款项并承担迟延支付利息。
法院下达传票后，A公司以工程存在质量问题为由提出反诉，认为B公司偷工减料，未按设计图纸施工，质量不合格，导致屋面广泛渗漏，请求判令B公司赔偿该损失。
【法律问题】
竣工验收合格且已过保修期的工程，A公司能否以存在质量问题为由提起反诉？
【齐信说法】
一般来讲，工程竣工验收报告或者政府备案文件具有法律效力，发生纠纷时可以作为认定工程质量合格有效的证据。但是，工程竣工验收合格并不能等同于工程事实上质量合格，工程竣工验收合格证明所证明的内容并非不能被推翻。发生法律纠纷时，鉴于建设工程的复杂性和专业性，人民法院往往根据鉴定意见认定工程质量是否合格。
依据最高院《民事诉讼证据规定》第77条，鉴定意见的证明力大于竣工验收合格证明。以建设工程竣工验收交付使用为界，经鉴定，如在交付时建设工程即存在质量问题的，施工单位应基于质量瑕疵担保责任承担质量不合格的违约责任；如果在建设工程使用过程中出现的质量问题，施工单位应当承担保修责任。
本案中，如A公司能提供初步证据证明，B公司在施工过程中存在不按图施工、偷工减料等导致案涉工程在交付时即存在质量瑕疵的，人民法院会启动司法鉴定，并根据经质证的鉴定意见进行裁判。现B公司仅以建设工程“竣工验收合格”对抗建设工程存在质量缺陷的客观事实不能成立；该工程“竣工验收合格”，A公司仍有权要求要求B公司承担质量违约责任。
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