【案情简介】
甲公司就必须招投标的工程项目与乙公司签订建设工程施工合同。其中，对合同的总价在专用条款中进行约定，但对付款的进度却约定见补充合同。之后，甲乙公司就建设工程施工合同进行备案，但随后签订的关于付款进度的补充合同，并未备案。在乙公司施工完毕后，要求甲公司按照补充合同的付款进度进行付款，甲公司却以未备案而不予付款。至此，甲乙双方发生争议。
【法律问题】
本案中，专用条款中这种关于“进度款支付”的约定是否有效？如果认为有效，如何认定未备案的“补充合同”的效力？
【齐信说法】
我们认为，要解决此问题，必须对《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称“司法解释”）第21条有准确的认识。《司法解释》第21条即界定建设工程实务中所说的“黑合同、白合同”。“黑合同、白合同”在实质性内容不一致时，“黑合同”并不是无效，而是在结算时以“白合同”为准。
为此，本案中，在建设工程施工合同专用条款中关于进度款支付的“见补充合同”的约定，并不违反法律的规定，只不过按照《招标投标法》第12条第3款的规定，需要向有关行政监督部门备案。但，备案只是国家有关行政主管部门对建设施工合同双方当事人的干预和监督，备案并不是建设工程施工合同的生效要件。因此，补充合同未经过备案并不影响其效力。同时，补充合同不属于《司法解释》第21条所界定的“黑合同”，补充合同与主合同是一个整体，补充合同是主合同的一部分，其内容是对主合同的补充，并不存在与主合同实质性内容相违背的情况。
综上，我们认为，建设工程施工合同专用条款中关于进度款支付的“见补充合同”的约定是合法有效的，未经过备案的补充合同在自身未违背法律、行政法规的强制性规定时，亦是有效。
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